Fue construido por los frailes dominicos de Almería en el siglo XVIII, de ahí su nombre. Se lo conocía por el «cortijo del hornillo», porque albergaba un gran horno para hacer pan en el patio central. En 1836, como consecuencia de las leyes de desamortización de las propiedades de las órdenes religiosas, fue confiscado por el estado y, tras subasta, pasó a manos privadas.
Es famoso por el crimen que ocurrió en sus inmediaciones, el llamado «crimen de Níjar», que tuvo lugar el 22 de julio de 1928, cuya protagonista, Francisca Cañadas, vivió en las inmediaciones toda su vida. Los hechos del crimen inspiraron la novela Puñal de claveles (1931) de la escritora Carmen de Burgos, así como la obra Bodas de sangre (1931) de Federico García Lorca.
El 23 de marzo de 2010 fue publicada en Boletín Oficial de la Junta de Andalucía una resolución por la cual el Cortijo del Fraile quedó declarado Bien de Interés Cultural con la tipología de «Sitio Histórico».12 En el año 2011 sufrió algunos desperfectos y se desplomaron unos muros.3 Unos días después el alcalde de Níjar, Antonio Jesús Rodríguez, propuso abogar por una permuta para adquirir el Cortijo. Este proceso se encuentra actualmente en fase de negociación entre los propietarios y la Junta de Andalucía.4 La marca «el cortijo del fraile» fue registrada y protegida con los derechos de propiedad industrial en la OEPM con los números de registro N0277626 y M2856874.
Estado ruinoso de la edificación Una posibilidad de acceso al cortijo es la carretera ALP-824 o Ctra. de Rodalquilar, tramo sin asfaltar que une los finales de las barriadas de Los Albaricoques y Rodalquilar. El camino lo limitan líneas de agaves a ambos lados.