El yacimiento de Malquerme está compuesto fundamentalmente de un hábitat, necrópolis y estructuras militares correspondientes a las etapas hispanorromana, visigoda, musulmana, alto y bajo medievales cristianas, así como un despoblado desde finales del siglo XVI hasta el siglo XX donde aparece denominado como Malquerme.
Por otra parte se documenta la existencia de restos dispersos de industria lítica de carácter paleolítico sobre cuarcita, relacionado tanto con los depósitos del río Cedera como del Arroyo de Malquerme.
El paraje, poblamiento y topónimo aparece citado en multitud de fuentes históricas cristianas (pese a tener un claro origen anterior romano) desde la repoblación de los montes por mozárabes durante los momentos cercanos a Alfonso VII de León, o la fortificación templaria de la comarca desde Montalbán, segregándose en 1210 puesto que Alfonso VIII de Castilla dona a Alfonso Téllez de Meneses las aldeas y castillos, entre otros el castillo de Malquerme, y éste a su vez, en 1222 al arzobispo de Toledo Rodrigo Jiménez de Rada, que trueca el cabildo en 1243. Con Fernando III de Castilla este territorio realengo pasa por compra al Ayuntamiento de Toledo en 1246, con núcleos poblacionales como el de «Malquerme».
Asimismo en las propias Relaciones topográficas de Felipe II se cita la fundación de Hontanar hacia 1376, fruto posiblemente del despoblamiento de su anejo Malquerme, citando aún en éste tanto vecinos, como una Torre y un Castillo prácticamente arrasado. También resulta citado en las descripciones de 1576 y 1587 con existencia de vecinos, siendo las últimas citas demográficas sobre este despoblado que aparece como labranzas durante el siglo XIX, o la casa de campo de Malaquerme en 1930.
Recursos
El yacimiento conserva estructuras inmuebles de gran importancia arqueológica, monumental e incluso artística como son:
La existencia de al menos dos epígrafes funerarios votivos de tipo romano, con inscripciones de sus oferentes, insculpidos en un bolo granítico.
La presencia de un torreón seccionado como matacanes de cronología medieval entre los siglos XII y XIV, a la cual pertenece una reconstrucción superior, unido a todo el despoblado que aún se conserva en forma de granja.
Un edificio cuadrangular de tipo militarizado-industrial con aspilleras en su planta baja y un posible segundo piso, con restos de una puerta de acceso lateralizada cuyos elementos principales han sido substraídos y cuya cronología aún siendo de carácter histórico resulta por el momento difusa.
La gran profusión y dispersión de una necrópolis rupestre que puede tener como origen una posible cronología romana asociada a las estelas funerarias, continuando hasta etapas medievales, en forma de tumbas individualizadas excavadas sobre las masas y bolos de granito y que se documentan a lo largo de toda la mitad norte del yacimiento.
Asimismo existen multitud de evidencias inmuebles pertenecientes al desarrollo del despoblado (con presencia de una posible iglesia‑ermita de Malquerme desde 1526 o de Nuestra Señora de Gracia), que reutilizan elementos anteriores incorporados en sus paramentos murales, así como también multitud de restos arqueológicos de tipo mueble dispersos por las parcelas descritas tanto en el objeto como en el área de protección.
